Transcriptome analysis in Concholepas concholepas (Gastropoda, Muricidae): Mining and characterization of new genomic and molecular markers.
Concholepas concholepas
Cárdenas-Tavie, L. C, Fuenzalida, G, Gallardo-Escárate, C., Gomez, D, Sánchez, R, Tanguy, A.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1874778711000420?casa_token=p9021FvqleoAAAAA:j9UsvLL7SCeq71Fzt32FUPypmUE70nD0xq-E46l83jbLM6hNO7-NGN9it_8ud7pYYZjMd-FImO8
El gasterópodo marino Concholepas concholepas, conocido localmente como “loco”, es la principal especie objetivo de las pesquerías bentónicas chilenas. Las herramientas genéticas y genómicas son necesarias para estudiar el genoma de esta especie con el fin de comprender las bases moleculares de su desarrollo, crecimiento y otros rasgos clave para mejorar las estrategias de manejo e identificar la adaptación local para prevenir la pérdida de biodiversidad. Aquí, utilizamos tecnologías de pirosecuenciación para generar la primera base de datos transcriptómica a partir de especímenes adultos del loco. Después del recorte, se logró un total de 140.756 secuencias de etiquetas de secuencia expresadas. El análisis de agrupamiento y ensamblaje identificó 19.219 contigs y 105.435 secuencias únicas. El análisis BlastN mostró una identidad significativa con las etiquetas de secuencia expresada de diferentes especies de gasterópodos disponibles en bases de datos públicas. De manera similar, los resultados de BlastX mostraron que sólo 895 del total de 124.654 tuvieron resultados significativos y pueden representar genes novedosos para gasterópodos marinos. A partir de esta base de datos, también se identificaron motivos de repetición de secuencia simple y se diseñaron y probaron un total de 38 pares de cebadores para evaluar su potencial como marcadores informativos e investigar su amplificación entre especies en diferentes especies de gasterópodos relacionados. Este conjunto de datos representa los primeros 454 datos disponibles públicamente para un gasterópodo marino endémico de la costa sureste del Pacífico, lo que proporciona un valioso recurso transcriptómico para futuros esfuerzos de descubrimiento de genes y desarrollo de marcadores funcionales en otros gasterópodos marinos.
The marine gastropod Concholepas concholepas, locally known as the “loco”, is the main target species of the benthonic Chilean fisheries. Genetic and genomic tools are necessary to study the genome of this species in order to understand the molecular basis of its development, growth, and other key traits to improve the management strategies and to identify local adaptation to prevent loss of biodiversity. Here, we use pyrosequencing technologies to generate the first transcriptomic database from adult specimens of the loco. After trimming, a total of 140,756 Expressed Sequence Tag sequences were achieved. Clustering and assembly analysis identified 19,219 contigs and 105,435 singleton sequences. BlastN analysis showed a significant identity with Expressed Sequence Tags of different gastropod species available in public databases. Similarly, BlastX results showed that only 895 out of the total 124,654 had significant hits and may represent novel genes for marine gastropods. From this database, simple sequence repeat motifs were also identified and a total of 38 primer pairs were designed and tested to assess their potential as informative markers and to investigate their cross-species amplification in different related gastropod species. This dataset represents the first publicly available 454 data for a marine gastropod endemic to the southeastern Pacific coast, providing a valuable transcriptomic resource for future efforts of gene discovery and development of functional markers in other marine gastropods.
