Sex Identification in Humboldt Penguins (Spheniscus humboldti) Using the Polymerase Chain Reaction (PCR) Method Based on the Chromo Helicase DNA Binding (CHD) Gene. (In original language: Identifikasi Jenis Kelamin Pada Penguin Humboldt (Spheniscus humboldti) Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) Berdasarkan Gen Chromo Helicase DNA binding (CHD))
Spheniscus humboldti
Pertiwi G.Z
El pingüino de Humboldt (Spheniscus humboldti) es un pingüino tropical que vive en América del Sur a lo largo de la costa del Pacífico (se encuentra en Chile y Perú). El pingüino de Humboldt es monomórfico y este sexo es morfológicamente difícil de diferenciar. Es necesario aplicar una técnica molecular para diferenciar el sexo del Pingüino de Humboldt como la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). La unión al ADN de la cromohelicasa (CHD) está unida a los cromosomas sexuales y unida por el cromosoma sexual Z tanto en hombres como en mujeres, por lo que este gen se puede utilizar para analizar el sexo. Esta investigación tuvo como objetivo diferenciar el sexo del pingüino de Humboldt (Spheniscus humboldti) de nueve especies en Taman Safari Indonesia (TSI) II. La determinación del sexo utilizó el gen CHD con el cual los cebadores de diseño fueron 5'-AGATGGTGAGGATGCTGGAC-'3 directo y 5'-GGACAGCTAAAGCAGGTTGC-'3 inverso. La muestra de ADN se tomó de la pluma de cálamo en la parte del tórax y luego se amplificó con el método de PCR. Después de eso, el producto de PCR purificado fue seguido por la secuenciación utilizando el método de Sanger. El análisis de datos utilizó métodos descriptivos cualitativos comparando el tamaño del ADN. El resultado de la secuenciación se observó comparando las secuencias logradas (consulta) con los datos existentes en el Banco de genes (NCBI) y la herramienta de búsqueda de alineación local básica (BLAST) para descubrir el gen objetivo a partir del resultado de la amplificación. A partir de nueve muestras, descubrió que tres muestras eran machos marcados con una banda de 241 pb, que es el gen CHD-Z, y seis muestras eran mujeres marcadas con una banda de 241 pb y 260 pb, que son CHD-Z y CHD-W en el resultado de la electroforesis del producto de PCR. La conclusión de esta investigación fue que la técnica de PCR utilizada en el gen CHD se puede utilizar para definir el sexo del pingüino de Humboldt.
Humboldt Penguin (Spheniscus humboldti) is a tropical penguin lives in Southern America along Pacific shore (found in Chile and Peru). Humboldt Penguin is monomorphic which this sex gender is morphologically difficult to differentiate. It is necessary to apply a molecular technique to differentiate Humboldt Penguin’s sex gender such as Polymerase Chain Reaction (PCR). The Chromo Helicase DNA binding (CHD) is bound to sex chromosomes and linked by The Z sex chromosome in both males and females so this gene can be used to analyze the sex. This research aimed to differentiate sex gender on Humboldt penguin (Spheniscus humboldti) from nine species in Taman Safari Indonesia (TSI) II. The sex gender determination used CHD gene with which design primers were forward 5’-AGATGGTGAGGATGCTGGAC-’3 and reverse 5’-GGACAGCTAAAGCAGGTTGC-’3. The DNA sample was taken from calamus feather on thorax part, then amplified with PCR method. After that, the purified PCR product was followed by sequencing using Sanger method. The data analysis used descriptive qualitative comparing the DNA size. The sequencing result was observed by comparing the achieved sequences (query) with existed data in Gene Bank (NCBI) which Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) to find out the gene target from the result of amplification. From nine samples, it discovered that three samples were males marked by 241bp band which is the CHD-Z gene and six samples were females marked by 241bp and 260bp band which are CHD-Z and CHD-W in the electrophoresis result of PCR product. The conclusion of this research was PCR technique used CHD gene can be used to define the Humboldt penguin’s sex gender.
