De novo assembly and analysis of tissue-specific transcriptomes of the edible Red Sea urchin Loxechinus albus using RNA-seq.
Loxechinus albus
Antiqueo Aravena, P. V., Bastias-Molina, M, Estrada, J. M, Meneses, C, Molina, A, Valdés, J. A., Zuloaga, R
https://www.mdpi.com/2079-7737/10/10/995
El erizo de mar rojo comestible (Loxechinus albus) es una especie de equinodermo endémica de las costas chilenas. La demanda mundial de gónadas de alta calidad de esta especie ha abordado el agotamiento de sus poblaciones naturales. Los estudios sobre este erizo de mar son limitados y la información genómica es casi inexistente. Por lo tanto, generar un transcriptoma es información crucial que enriquecerá considerablemente los datos moleculares y promoverá futuros hallazgos para la acuicultura de L. albus. Aquí, obtuvimos datos transcriptómicos del erizo de mar rojo comestible mediante la plataforma Illumina. Se extrajo ARN total de gónadas, intestinos y celomocitos de erizos juveniles y las muestras se secuenciaron utilizando tecnología MiSeq Illumina. Se ensamblaron de novo un total de 91.119.300 lecturas de extremos emparejados, se produjeron 185.239 transcripciones y se creó un transcriptoma de referencia con un contenido de GC del 38,8% y un N50 de 1769 pb. El análisis de ontología genética reveló diferencias notables en los perfiles de expresión entre gónadas, intestinos y celomocitos, lo que permitió la detección de transcripciones asociadas con procesos biológicos específicos y vías KEGG. Estos datos se validaron utilizando 12 transcripciones candidatas mediante qPCR en tiempo real. Este conjunto de datos proporcionará un valioso recurso molecular para L. albus y otras especies de erizos de mar.
Edible red sea urchin (Loxechinus albus) is an endemic echinoderm species of the Chilean coasts. The worldwide demand for high-quality gonads of this species has addressed the depletion of its natural populations. Studies on this sea urchin are limited, and genomic information is almost nonexistent. Hence, generate a transcriptome is crucial information that will considerably enrich molecular data and promote future findings for the L. albus aquaculture. Here, we obtained transcriptomic data of the edible red sea urchin by Illumina platform. Total RNA was extracted from gonads, intestines, and coelomocytes of juvenile urchins, and samples were sequenced using MiSeq Illumina technology. A total of 91,119,300 paired-end reads were de novo assembled, 185,239 transcripts produced, and a reference transcriptome created with 38.8% GC content and an N50 of 1769 bp. Gene ontology analysis revealed notable differences in the expression profiles between gonads, intestines, and coelomocytes, allowing the detection of transcripts associated with specific biological processes and KEGG pathways. These data were validated using 12 candidate transcripts by real-time qPCR. This dataset will provide a valuable molecular resource for L. albus and other species of sea urchins.
