Complete mitogenome of the edible sea urchin Loxechinus albus: genetic structure and comparative genomics within Echinozoa.
Loxechinus albus
Cárdenas-Tavie, L. C, Cea, G, Gaitán-Espitia, J. D
https://link.springer.com/article/10.1007/s11033-014-3847-5
El erizo de mar rojo chileno comestible, Loxechinus albus, es la única especie de su género y endémico del Pacífico Sureste. En este estudio, reconstruimos el genoma mitocondrial de L. albus combinando tecnologías de Sanger y pirosecuenciación. El genoma del ADNmt tenía una longitud de 15.737 pb y codificaba los mismos 13 genes codificadores de proteínas, 22 genes de ARN de transferencia y dos genes de ARN ribosomal que otros ADNmt animales. El tamaño de este mitogenoma era similar al de otras especies de Echinodermata. Las comparaciones estructurales mostraron una estructura, composición y orden genético altamente conservados dentro de Echinoidea y Holothuroidea, y una organización genética casi idéntica a la encontrada en Asteroidea y Crinoidea, con la mayoría de las diferencias explicadas por las inversiones de algunos genes de ARNt. La reconstrucción filogenética apoyó la monofilia de Echinozoa y recuperó la relación monofilética de Holothuroidea y Echinoidea. Dentro de Holothuroidea, los análisis bayesianos y de máxima verosimilitud recuperaron una relación de grupo hermano entre Dendrochirotacea y Aspidochirotida. De manera similar, dentro de Echinoidea, estos análisis revelaron que L. albus estaba estrechamente relacionado con Paracentrotus lividus, siendo ambos parte de un grupo hermano de Strongylocentrotidae y Echinometridae. Además, se encontraron dos clados principales dentro de Strongylocentrotidae. Uno de estos clados comprendía todas las especies representativas Strongylocentrotus y Hemicentrotus, mientras que el otro incluía especies de Mesocentrotus y Pseudocentrotus.
The edible Chilean red sea urchin, Loxechinus albus, is the only species of its genus and endemic to the Southeastern Pacific. In this study, we reconstructed the mitochondrial genome of L. albus by combining Sanger and pyrosequencing technologies. The mtDNA genome had a length of 15,737 bp and encoded the same 13 protein-coding genes, 22 transfer RNA genes, and two ribosomal RNA genes as other animal mtDNAs. The size of this mitogenome was similar to those of other Echinodermata species. Structural comparisons showed a highly conserved structure, composition, and gene order within Echinoidea and Holothuroidea, and nearly identical gene organization to that found in Asteroidea and Crinoidea, with the majority of differences explained by the inversions of some tRNA genes. Phylogenetic reconstruction supported the monophyly of Echinozoa and recovered the monophyletic relationship of Holothuroidea and Echinoidea. Within Holothuroidea, Bayesian and maximum likelihood analyses recovered a sister-group relationship between Dendrochirotacea and Aspidochirotida. Similarly within Echinoidea, these analyses revealed that L. albus was closely related to Paracentrotus lividus, both being part of a sister group to Strongylocentrotidae and Echinometridae. In addition, two major clades were found within Strongylocentrotidae. One of these clades comprised all of the representative species Strongylocentrotus and Hemicentrotus, whereas the other included species of Mesocentrotus and Pseudocentrotus.
