Complete mitochondrial genome of Concholepas concholepas inferred by 454 pyrosequencing and mtDNA expression in two mollusc populations.
Concholepas concholepas
Aguilar-Espinoza, A, Gallardo-Escárate, C., Núñez-Acuña, G
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A pesar de la gran relevancia del análisis del genoma mitocondrial en los estudios evolutivos, existe escasa información sobre cómo se expresan los transcritos asociados al mitogenoma y su papel en la estructuración genética de las poblaciones. Este trabajo reporta el genoma mitocondrial completo del gasterópodo marino Concholepas concholepas, obtenido mediante 454 priosecuenciaciones, y un análisis de transcripciones mitocondriales de dos poblaciones separadas por 1000 km a lo largo de la costa chilena. La mitocondria de C. concholepas tiene un tamaño de 15.495 pares de bases (pb) y contiene las 37 subunidades características de los metazoos, así como una región no codificante de 330 pb. El análisis in silico de la variabilidad de los genes mitocondriales mostró diferencias significativas entre las poblaciones. En términos de niveles de abundancia relativa de transcritos asociados con la mitocondria en las dos poblaciones (evaluados por qPCR), los genes asociados con los complejos III y IV del genoma mitocondrial tuvieron los niveles más altos de expresión en la población del norte, mientras que los transcritos asociados con el ATP El complejo sintasa tuvo los niveles más altos de expresión en la población del sur. Además, se identificaron quince SNP polimórficos in silico entre los mitogenomas de las dos poblaciones. Cuatro de estos marcadores implicaban diferentes sustituciones de aminoácidos (SNP no sinónimos). Este trabajo aporta información novedosa sobre la estructura del genoma mitocondrial y los niveles de expresión de ARNm de C. concholepas.
Despite the great relevance of mitochondrial genome analysis in evolutionary studies, there is scarce information on how the transcripts associated with the mitogenome are expressed and their role in the genetic structuring of populations. This work reports the complete mitochondrial genome of the marine gastropod Concholepas concholepas, obtained by 454 pryosequencing, and an analysis of mitochondrial transcripts of two populations 1000 km apart along the Chilean coast. The mitochondrion of C. concholepas is 15,495 base pairs (bp) in size and contains the 37 subunits characteristic of metazoans, as well as a non-coding region of 330 bp. In silico analysis of mitochondrial gene variability showed significant differences among populations. In terms of levels of relative abundance of transcripts associated with mitochondrion in the two populations (assessed by qPCR), the genes associated with complexes III and IV of the mitochondrial genome had the highest levels of expression in the northern population while transcripts associated with the ATP synthase complex had the highest levels of expression in the southern population. Moreover, fifteen polymorphic SNPs were identified in silico between the mitogenomes of the two populations. Four of these markers implied different amino acid substitutions (non-synonymous SNPs). This work contributes novel information regarding the mitochondrial genome structure and mRNA expression levels of C. concholepas.
